La Comisión se encuentra integrada por dos delegaciones, una en representación de la Argentina y otra en representación del Uruguay, con cinco delegados cada una. La presidencia y vicepresidencia de la Comisión son desempeñadas, por períodos anuales y en forma alternada, por los presidentes de cada una de ellas.

Las decisiones de la Comisión se adoptan “por el voto conforme de ambas delegaciones”. A tales efectos, cada una tiene un voto que se expresa por su presidente o quien lo sustituya.

La estructura se compone de un Plenario, compuesto por las delegaciones de ambas partes, subcomisiones de trabajo y una secretaría, integrada por un Secretario Técnico y un Secretario Administrativo.