El Canal Martín García es una vía de navegación estratégica para el comercio exterior regional. Forma parte de un sistema conformado por los ríos de la Plata, Paraná y Uruguay.
Se extiende a lo largo de 106,5 kilómetros que van desde el km 39 del Canal de la Zona Común del Río de la Plata, en proximidades de la Barra del Farallón, hasta el kilómetro 0 del Río Uruguay y tiene una profundidad de 34 pies (10,36 metros) en fondos blandos y 38 (11,58 metros) en fondos duros.
Fue construido de una sola vía para buques de hasta 245 metros de eslora y 32,60 metros de manga.
Los buques que ingresan aguas arriba al canal Martín García, lo hacen por el km 39 del Río de la Plata, en su gran mayoría sin carga hasta las terminales portuarias uruguayas y argentinas de los Ríos Paraná y Uruguay. Esos buques ya cargados, navegan de salida por el Canal Martín García y en algunos casos completan su carga en el puerto uruguayo de Montevideo o en los puertos de argentinos de Quequén o Bahía Blanca y eventualmente en los puertos del sur de Brasil, dependiendo el tipo de buque y de la mercadería que transporta.
El ordenamiento del tráfico, la seguridad, la prevención de la contaminación y las comunicaciones del Canal están supervisados y autorizados por las autoridades marítimas de ambos países, quienes ejercen el poder de policía del Canal. Las competencias de la Prefectura Nacional Naval de Uruguay y Argentina se dividen en zonas.
El tramo inicial de ingreso del Canal en su km 39 y hasta el km 93 está bajo jurisdicción de la Prefectura Naval Argentina (PNA), mientras que la jurisdicción de la Prefectura Nacional Naval de Uruguay (PNN) cubre el tramo final del Canal desde el km 93 hasta el km 145,5 donde finaliza y coincide además con el km 0 del Río Uruguay.
Existen zonas de fondeo o espera fuera del canal de navegación, en las cercanías de la Isla Juncal, Puerto Camacho y también frente a los islotes El Matón y Punta Piedras. También se puede fondear de emergencia en Punta Martín Chico y en Pozos de San Juan, cerca de la Torre Anchonera.
Las tareas de batimetrías son parte del servicio que brinda la CARP para el mantenimiento de las condiciones de navegabilidad del Canal. Estos registros mensuales permiten certificar la profundidad a 34 pies.
La Comisión cuenta con equipamiento y embarcación propia, en este caso la lancha Riachuelo, que realiza la verificación de la información brindada por la empresa adjudicataria de las tareas de mantenimiento del Canal.
El canal cuenta con ciento veinticuatro boyas demarcatorias fondeadas en la traza del Canal. Las tareas son realizadas con el apoyo del Balizador San Francisco, y se cuenta con un establecimiento ubicado en la Ciudad de Conchillas, Colonia (ROU) para el mantenimiento y reposición del sistema de balizamiento que se encuentra a cargo de CARP.